除了檢測空氣中細菌數量之外，在生物潔凈室中還要經常要求進行墻面、地面或物體表面污染狀況的檢測，以便采取消毒滅菌對策。這種測定一般是定性的，尚沒有嚴格的控制標準。
常用的表面污染菌的測定方法簡介如下：
1、按壓法
按壓法是一種把具有一定面積的固型培養基或用液體潤濕的棉花球等輕輕按在檢測部位，隨后進行培養讀數的方法，使用固型培養基的方法有羅達克平板法、瓊脂臘腸法、壓型瓊脂法等，利用棉花球的方法有壓型擴展法
2、擦拭法
擦拭法是指用生理鹽水潤濕的棉花球等擦拭一定面積的待測表面，清洗附著的細菌，或者用輕柔的超聲波處理培養振蕩出來的液體，然后統計細菌數的方法。美國、英國、加拿大等國家廣泛采用這種方法。擦拭材料有脫脂棉、紗布、特殊纖維布等，潤濕劑有生理鹽水、各種緩沖液、液體培養基等。
3.真空吸引法
與電除塵器具有相同機構，方法是：用一特殊吸引用噴嘴正對待測表面，維持某個微小距離，以一定風量、風速吸入空氣，再用薄膜過濾器過濾采樣空氣，然后培養附著在濾膜上的細菌，最后檢出細菌數量。
表面附著菌的測定方法，隨待測場所或物體的形態不同，可選用相應的方法。按壓法適用于待測表面或部位是平面的情況，不適用于待測處是曲面的情況。而擦拭法對平面、曲面均適用。真空吸引法雖然平面、曲面均可以使用，但被測表面為曲面時會有一些誤差。
